Το ΚΕΠΕ διοικείται από πενταμελές Διοικητικό Συμβούλιο, τα μέλη του οποίου διορίζονται από τον Υπουργό Οικονομίας και Ανάπτυξης.
Παναγιώτης ΠετράκηςΟμότιμος Καθηγητής Τμήματος Οικονομικών Επιστημών, Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών
Δημήτριος Μαλλιαρόπουλος
Καθηγητής στο Τμήμα Χρηματοοικονομικής και Τραπεζικής
Διοικητικής του Πανεπιστημίου Πειραιώς και Διευθυντής Οικονομικής Ανάλυσης και Μελετών της Τράπεζας
της Ελλάδας
Παναγιώτης Χατζηπαναγιώτου
Ομότιμος Καθηγητής Οικονομικών στο Τμήμα Διεθνών
και Ευρωπαϊκών Οικονομικών Σπουδών του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών
Παντελής Κωστής
Επίκουρος Καθηγητής στο Τμήμα Οικονομικών Επιστημών του Εθνικού
και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών
Αντιγόνη Λυμπεράκη
Καθηγήτρια Οικονομικών στο Τμήμα Οικονομικής και Περιφερειακής
Ανάπτυξης του Παντείου Πανεπιστημίου
Το ΚΕΠΕ δεσμεύεται για την Ισότητα των Φύλων, σύμφωνα με σχέδιο για την ισότητα των φύλων (KEPE-GEP).