Το ΚΕΠΕ διοικείται από πενταμελές Διοικητικό Συμβούλιο, τα μέλη του οποίου διορίζονται από τον Υπουργό Οικονομίας και Ανάπτυξης.
Παναγιώτης ΠετράκηςΟμότιμος Καθηγητής Τμήματος Οικονομικών Επιστημών, Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών
Βικτώρια Πέκκα-ΟικονόμουΟμότιμη Καθηγήτρια Πανεπιστημίου Πειραιώς
Μιχαήλ ΡηγίνοςΟμότιμος Καθηγητής Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών
Αναστασία ΠετρούλιαΔικηγόρος
Πρόδρομος ΒλάμηςΑναπληρωτής Καθηγητής Πανεπιστημίου Πειραιώς
Το ΚΕΠΕ δεσμεύεται για την Ισότητα των Φύλων, σύμφωνα με σχέδιο για την ισότητα των φύλων (KEPE-GEP).