Το ΚΕΠΕ διοικείται από πενταμελές Διοικητικό Συμβούλιο, τα μέλη του οποίου διορίζονται από τον Υπουργό Οικονομίας και Ανάπτυξης.
Παναγιώτης Λιαργκόβας
Καθηγητής του Τμήματος Διοικητικής Επιστήμης και Τεχνολογίας του Πανεπιστημίου Πελοποννήσου
Βικτώρια Πέκκα-ΟικονόμουΟμότιμη Καθηγήτρια Πανεπιστημίου Πειραιώς
Μιχαήλ ΡηγίνοςΟμότιμος Καθηγητής Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών
Αναστασία ΠετρούλιαΔικηγόρος
Πρόδρομος ΒλάμηςΑναπληρωτής Καθηγητής Πανεπιστημίου Πειραιώς
Το ΚΕΠΕ δεσμεύεται για την Ισότητα των Φύλων, σύμφωνα με σχέδιο για την ισότητα των φύλων (KEPE-GEP).