Με τον Ν. 2579/17 τον Φεβρουάριο του 1998 (άρθρα 18-26) το ΚΕΠΕ μετατράπηκε σε ΝΠΙΔ. Δύο χρόνια μετά την αλλαγή του ΚΕΠΕ από ΝΠΔΔ σε ΝΠΙΔ με το ΠΔ 4/10-3-2000, επήλθαν ορισμένες βασικές αλλαγές που έφεραν το ΚΕΠΕ πολύ πιο κοντά στα πρότυπα των ερευνητικών ιδρυμάτων.  Στην περίοδο αυτή, με βάση το νέο νόμο, ο Πρόεδρος του Διοικητικού Συμβουλίου και ο Επιστημονικός Διευθυντής ταυτίζονται.
Επίσης έγιναν αλλαγές στο οργανωτικό διάγραμμα καθώς και στα κριτήρια ένταξης και προαγωγών του προσωπικού.

Άρχισε να στρέφεται περισσότερο στην οικονομική έρευνα και να έχει συμβουλευτικό ρόλο προς το Υπουργείο Οικονομικών. Τότε αυξήθηκαν οι συμμετοχές του ερευνητικού προσωπικού σε επιστημονικά συνέδρια, τόσο του εσωτερικού όσο και του εξωτερικού. Μέχρι και σήμερα ορισμένοι ερευνητές εκπροσωπούν το ίδρυμα ή τη χώρα σε τακτές συναντήσεις διάφορων διεθνών οργανισμών (ΟΟΣΑ, ΟΗΕ, AIECE κ.λπ.)

Οι νέες τάσεις απεικονίζονται πεντακάθαρα και στις εκδόσεις της περιόδου. Το 2000 κυκλοφόρησε και το δεύτερο τεύχος του περιοδικού Οικονομικά, το οποίο δυστυχώς ήταν και το τελευταίο. Μεγαλύτερη επιτυχία είχε η έκδοση του περιοδικού Οικονομικές Εξελίξεις. Το περιοδικό εξέταζε τις πρόσφατες εξελίξεις της οικονομίας και εκδιδόταν ανά τετράμηνο. Το πρώτο τεύχος κυκλοφόρησε το Δεκέμβριο του 2002 και η έκδοση συνεχίστηκε μέχρι τον Απρίλιο του 2006, οπότε και διεκόπη προσωρινά. Το περιοδικό επανεκδόθηκε το Μάιο του 2010 (τεύχος 12) και από τότε εκδίδεται με την ίδια συχνότητα ανελλιπώς έως σήμερα.

Λόγω της μεγάλης μείωσης του προσωπικού μέσα στα χρόνια 1997-2007, το ΚΕΠΕ αναγκάσθηκε να αλλάξει έδρα και έτσι μετακόμισε από το κτίριο στην οδό Ιπποκράτους στο νέο κτίριο, όπου στεγάζεται μέχρι και σήμερα στην οδό Αμερικής 11 Κολωνάκι.