Το ΚΕΠΕ ιδρύθηκε το 1959 ως μία μικρή ερευνητική μονάδα με την επωνυμία «Κέντρον Οικονομικών Ερευνών» (ΚΟΕ). Η απόφαση για την ίδρυση του ελήφθη από τον τότε Πρωθυπουργό, Κωνσταντίνο Γ. Καραμανλή, κατόπιν εισήγησης του τότε Διοικητή της Τράπεζας της Ελλάδος, Ξενοφώντος Ε. Ζολώτα. Την οργάνωσή του ΚΟΕ ανέλαβε ως πρώτος Επιστημονικός Διευθυντής και Πρόεδρος του Δ.Σ. ο καθηγητής Ανδρέας Γ. Παπανδρέου. Σκοπός του ΚΟΕ ήταν η επιστημονική μελέτη των οικονομικών προβλημάτων της Ελλάδας και η ενθάρρυνση των οικονομικών ερευνών.
Το 1964 το ΚΟΕ μετονομάστηκε σε Κέντρο Προγραμματισμού και Οικονομικών Ερευνών (ΚΕΠΕ) και, πέραν της οικονομικής έρευνας και της εκπαίδευσης νέων οικονομολόγων, προστέθηκε στις βασικές λειτουργίες του η κατάρτιση βραχυχρόνιων, μεσοχρόνιων και μακροχρόνιων προγραμμάτων ανάπτυξης, η εκπόνηση σχεδίων περιφερειακής και χωροταξικής ανάπτυξης και δημοσίων επενδύσεων, η παρακολούθηση και ανάλυση των βραχυπρόθεσμων και μεσοπρόθεσμων εξελίξεων στην ελληνική οικονομία και η κατάρτιση προτάσεων οικονομικής πολιτικής, ενώ την εποπτεία του ανέλαβε το Υπουργείο Συντονισμού.
Στα χρόνια που ακολούθησαν την ίδρυση του ΚΕΠΕ, ενισχύθηκε το επιστημονικό δυναμικό του οργανισμού, ιδρύθηκε η Βιβλιοθήκη του ΚΕΠΕ, αναπτύχθηκαν συνεργασίες με διακεκριμένους Έλληνες και ξένους καθηγητές, διοργανώθηκαν επιστημονικά σεμινάρια και διαλέξεις, ενώ ξεκίνησε η δημοσίευση των επιστημονικών σειρών «Οικονομικές Μονογραφίες», «Ειδικές Μελέτες», «Σεμινάρια» «Διαλέξεις». Παράλληλα το ΚΕΠΕ ενεργοποιήθηκε στον οικονομικό προγραμματισμό και δραστηριοποιήθηκε στην εκπόνηση πενταετών και μακροχρόνιων εθνικών, περιφερειακών και χωροταξικών αναπτυξιακών προγραμμάτων. Τα προγράμματα αυτά υποστηρίζονταν από σειρά μελετών και εκθέσεων για σημαντικά θέματα, τομείς και κλάδους της ελληνικής οικονομίας.
Στη δεκαετία του ’80 το ΚΕΠΕ συνέχισε να συμβάλλει ουσιαστικά στην κατάρτιση και την τεχνική επεξεργασία των πενταετών αναπτυξιακών και περιφερειακών προγραμμάτων της Ελλάδας, και στη συνέχεια, στη δεκαετία του ’90, ο οργανισμός είχε σημαντικό ρόλο στη σύνταξη και την αξιολόγηση ευρωπαϊκών προγραμμάτων. Ενδεικτικά, το ΚΕΠΕ ασχολήθηκε με το ευρωπαϊκό πρόγραμμα για τις Συνοριακές Περιφέρειες της Ελλάδας (INTERREG), την παρακολούθηση και αξιολόγηση προγραμμάτων του πρώτου Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης (ΚΠΣ), την κατάρτιση του σχεδίου και των εκθέσεων αξιολόγησης του ΚΠΣ ΙΙ, την αξιολόγηση επιμέρους προγραμμάτων των ΚΠΣ και των επιπτώσεών τους στην ελληνική οικονομία, και την εκπόνηση του συνοπτικού και αναλυτικού Σχεδίου Περιφερειακής Ανάπτυξης (ΣΠΑ) της περιόδου 2000-2006 και των αντίστοιχων επιχειρησιακών προγραμμάτων.
Παράλληλα με τις δραστηριότητες αυτές, το ΚΕΠΕ προώθησε την επιστημονική μελέτη καίριων θεμάτων της ελληνικής οικονομίας, με την έκδοση των σειρών «Επιστημονικές Μελέτες» μέχρι το 1989, της διάδοχης σειράς «Μελέτες» από το 1990 και μετά, και των σειρών «Εκθέσεις» και «Εργασίες για Συζήτηση» από το 1990 και μετά.
Επιπλέον, δημοσίευσε μεγάλο αριθμό κλαδικών εκθέσεων για τα εθνικά και ευρωπαϊκά προγράμματα ανάπτυξης, μελέτες παροχής τεχνικής βοήθειας για την υποστήριξη των ΣΠΑ, εκθέσεις σε θέματα περιφερειακής ανάπτυξης και προγραμματισμού, στατιστικά στοιχεία και αναλύσεις, καθώς και μελέτες για διεθνείς οργανισμούς (ΕΕ, ΟΟΣΑ). Επίσης στην περίοδο αυτή το ΚΕΠΕ κατασκεύασε μακροοικονομικό υπόδειγμα για την κατάρτιση εναλλακτικών μακροοικονομικών σεναρίων και την εκτίμηση των επιπτώσεων των αναπτυξιακών προγραμμάτων.
Κατά την περίοδο αυτή, το ΚΕΠΕ πραγματοποίησε σειρά μελετών με θέματα που αφορούσαν σημαντικές πτυχές της ευρωπαϊκής πορείας της Ελλάδας, και της εφαρμογής των ευρωπαϊκών διαρθρωτικών προγραμμάτων. Ενδεικτικά αναφέρονται οι μελέτες σχετικά με τις επιπτώσεις στην ελληνική οικονομία από τη διεύρυνση της ΕΕ, τις επιπτώσεις των διαρθρωτικών πολιτικών της ΕΕ στην Ελλάδα, τις μακροοικονομικές επιπτώσεις του ΕΣΠΑ και την περιφερειακή διάσταση του ΕΣΠΑ. Παράλληλα το ΚΕΠΕ δραστηριοποιήθηκε στην εκπόνηση μελετών για τις εξελίξεις και τις προοπτικές καίριων τομέων και σημαντικών θεμάτων της ελληνικής οικονομίας καθώς και μελετών για την αξιολόγηση και τις επιπτώσεις διαρθρωτικών μεταρρυθμίσεων.
Ενδεικτικά στους τομείς με τους οποίους ασχολήθηκε και εξακολουθεί μέχρι σήμερα να μελετά ο οργανισμός, περιλαμβάνονται οι μακροοικονομικές εξελίξεις, οι δημόσιες πολιτικές, η ανταγωνιστικότητα και η παραγωγικότητα, η αγορά εργασίας, η εκπαίδευση και κατάρτιση, η υγεία, το κοινωνικοασφαλιστικό σύστημα, ο ανταγωνισμός, η επιχειρηματικότητα, η χωρική-περιφερειακή ανάπτυξη, η διεθνής οικονομία και οι διαβαλκανικές σχέσεις, ο πρωτογενής τομέας, η μεταποίηση, η ενέργεια, οι μεταφορές, ο τουρισμός, ο πολιτισμός, η πληροφορική και οι επικοινωνίες, το διανεμητικό εμπόριο, το εξωτερικό εμπόριο, ο χρηματοπιστωτικός τομέας, κ.ά. Οι μελέτες που εκπονήθηκαν στους εν λόγω τομείς διενεργήθηκαν είτε στα πλαίσια του ερευνητικού προγράμματος του οργανισμού, είτε κατόπιν ανάθεσης από κρατικούς ή διεθνείς φορείς. Πενήντα από αυτές τις εργασίες εκδόθηκαν στις τακτικές εκδόσεις του ΚΕΠΕ «Μελέτες» και «Εκθέσεις».
Την ίδια περίοδο, το ΚΕΠΕ ανέλαβε την εκπόνηση της Ετήσιας Έκθεσης για την Ανταγωνιστικότητα 2005, και δημοσίευσε ετήσιες εκθέσεις για το Ευρωπαϊκό Παρατηρητήριο για τις ΜΜΕ και μελέτες για το Ευρωπαϊκό Δίκτυο Μετανάστευσης. Το 2002, το ΚΕΠΕ ξεκίνησε την έκδοση του τετραμηνιαίου επιστημονικού περιοδικού «Οικονομικές Εξελίξεις», και το 2004 εξέδωσε τον επιστημονικό τόμο «Δοκίμια Οικονομικής Ανάλυσης» για τη συμπλήρωση 45 χρόνων από την ίδρυσή του.
Στην περίοδο αυτή το ΚΕΠΕ ενεργοποιήθηκε στη διερεύνηση κρίσιμων θεμάτων και την κατάρτιση αντίστοιχων μελετών που είχαν ως στόχο να συμβάλουν στην υποβοήθηση της οικονομικής πολιτικής για την έξοδο της χώρας από την οικονομική κρίση και την ανάκαμψη και βιώσιμη ανάπτυξη της ελληνικής οικονομίας. Στο πλαίσιο αυτό, το ΚΕΠΕ συνέταξε δύο ολοκληρωμένες μελέτες βάσης για τις προοπτικές και προϋποθέσεις ανάπτυξης της ελληνικής οικονομίας και μία μελέτη επιστημονικής υποστήριξης στα πλαίσια της διαμόρφωσης των σχεδίων στρατηγικής μεγέθυνσης της Ελλάδας.
Παράλληλα, το ΚΕΠΕ συνέβαλε στον σχεδιασμό και την αξιολόγηση των πολιτικών και των διαρθρωτικών μεταρρυθμίσεων σε κρίσιμους τομείς, όπως η δημοσιονομική πολιτική, οι μεταρρυθμίσεις στους τομείς του ανταγωνισμού και της απελευθέρωσης των επαγγελμάτων, οι πολιτικές για την προώθηση της ανταγωνιστικότητας της ελληνικής οικονομίας, κ.ά.
Στο πλαίσιο του επιστημονικού του έργου αλλά και κατόπιν αναθέσεων από κρατικούς και ευρωπαϊκούς φορείς, το ΚΕΠΕ συνέχισε τη δραστηριότητά του στη διερεύνηση σημαντικών τομέων και επίκαιρων θεμάτων της ελληνικής οικονομίας, εκδίδοντας μεγάλο αριθμό εκθέσεων, μελετών και άρθρων στις τακτικές σειρές «Μελέτες», «Εκθέσεις» και «Εργασίες για Συζήτηση», στο περιοδικό «Οικονομικές Εξελίξεις», στο μηνιαίο δελτίο «Ελληνική Οικονομία», σε ειδικές εκδόσεις με συνεργαζόμενους φορείς, αλλά και σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά. Το 2011 το ΚΕΠΕ δημοσίευσε τον επιστημονικό τόμο «Essays in Economics» για τη συμπλήρωση 50 χρόνων από την ίδρυσή του.
Σήμερα το ΚΕΠΕ συνεχίζει το πολύπλευρο ερευνητικό του έργο για την ελληνική οικονομία, ενισχύοντας παράλληλα τη δραστηριότητά του στη μελέτη των βραχυχρόνιων εξελίξεων, και αναλαμβάνοντας νέες αρμοδιότητες και πρωτοβουλίες στο πλαίσιο του θεσμικού του ρόλου για την επιστημονική υποστήριξη της οικονομικής πολιτικής. Ενδεικτικά, από το έτος 2011 ο οργανισμός ασχολείται με την τακτική διενέργεια προβλέψεων για το ΑΕΠ, με χρήση του δομικού υποδείγματος παραγόντων του ΚΕΠΕ. Επίσης, με αφετηρία το έτος 2013, το ΚΕΠΕ συνεπικουρεί την πολιτεία στη διαδικασία διαμόρφωσης του κατώτατου μισθού, με την εκπόνηση «Ετήσιας Έκθεσης Αξιολόγησης» και «Πορίσματος Διαβούλευσης» σε συνεργασία με επιτροπή εμπειρογνωμόνων.
Ταυτόχρονα, από το έτος 2019 το ΚΕΠΕ ενεργεί ως Εθνικό Συμβούλιο Παραγωγικότητας, και στο πλαίσιο του ρόλου του αυτού καταρτίζει την «Ετήσια Έκθεση Παραγωγικότητας της Ελλάδας» και εκδίδει το επιστημονικό περιοδικό «Productivity Reviews». Στα πρόσφατα χρόνια, το ΚΕΠΕ δραστηριοποιείται επίσης στην εκπόνηση σειράς μελετών, σε θέματα κλαδικής και περιφερειακής ανάπτυξης και ανάπτυξης περιοχών που έχουν πληγεί από φυσικές καταστροφές.
Τέλος, το έτος 2023 ξεκίνησε η λειτουργία του Παρατηρητηρίου Μεταρρυθμίσεων του ΚΕΠΕ και η δημοσίευση Δελτίου για σημαντικούς τομείς της μεταρρυθμιστικής πολιτικής. Ο οργανισμός ενισχύει διαρκώς τις συνεργασίες του με κρατικούς και επιστημονικούς φορείς, και συμβάλλει στην παροχή επιστημονικών αναλύσεων και πληροφόρησης για την πορεία της ελληνικής οικονομίας, μέσα από τις τακτικές του εκδόσεις, τη συστηματική δημοσίευση δεικτών συγκυρίας και τη διενέργεια «Αναλύσεων Επικαιρότητας» για τις εξελίξεις σε θέματα αιχμής.
listed below along with the professional posts that they held at the time of their appointment at KEPE